Priezvisko vzniklo z mena Benko (zo slovenskej hypokoristickej podoby krstného mena Benedikt) a odkazuje na spojenie s otcom alebo iným predkom tohto mena. Základom priezviska bol skrátený slovenský tvar Ben- ku ktorému sa pripája prípona -ko. Môže pochádzať aj z maďarského mena Benkő (hypokoristická forma maďarského ekvivalentu toho istého krstného mena; pravopisná adaptácia). Ďalšie varianty: Benkó, Beňko.