Priezvisko vzniklo z mena Marko (zo slovenskej hypokoristickej podoby krstného mena Marek) a odkazuje na spojenie s otcom alebo iným predkom tohto mena. Základom priezviska bol skrátený slovenský tvar Mar- ku ktorému sa pripája prípona -ko. Môže pochádzať aj z maďarského mena Markó (hypokoristická forma maďarského ekvivalentu toho istého krstného mena; pravopisná adaptácia). Variant: Markó.